Если после сборки проекта у вас перестала работать IDBFS, то значит у вас Emscripten v1.39.1 или новее.
ReferenceError: Can't find variable: IDBFS
Начиная c Emscripten v1.39.1 поддержка всех файловых систем (NODEFS, IDBFS, WORKERFS, PROXYFS) была вынесена в отдельные модули. Достаточно указать линкеру нужную зависимость: -lnodefs.js, -lidbfs.js, -lworkerfs.js, -lproxyfs.js и вопрос решится.
